La bandera de Malagueño tiene tres franjas: azul celeste (cielo y valores nacionales), blanco (unidad y diversidad) y amarillo dorado (tierra y prosperidad). Incluye un sol con nueve rayos (futuro y nombre de la ciudad) y el escudo central (historia industrial y lema 'Patria y Progreso'). Representa identidad, trabajo y proyección futura.