La bandera de Malagueño combina simbolismos naturales e históricos en su diseño. El verde representa la riqueza natural de sus sierras y el progreso sostenible; el blanco simboliza la paz y la unidad de su comunidad; mientras que el amarillo dorado refleja su herencia cultural, los recursos minerales y un futuro próspero. Las ondas aluden al paisaje serrano y los arroyos que marcaron su desarrollo, y el escudo central encierra su identidad con el lema "Patria y Progreso", resumiendo la esencia de Malagueño como tierra de arraigo, historia y crecimiento armónico.